Het gebruik van extreem hoge concentraties waterstofperoxide in zwembaden kan de badapparatuur, leidingen en de menselijke huid aantasten of irriteren. Daarom moet de concentratie tijdens desinfectie strikt worden gecontroleerd; een lage concentratie (1% tot 5%), stapsgewijs toegevoegd, wordt over het algemeen aanbevolen.

In openbare zwembaden of spa's vereisen hygiënenormen over het algemeen dat gebruikers zich grondig spoelen voor en na het betreden van het zwembad/de spa om het risico op besmetting en kruisbesmetting te beperken.